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Instalação via Conda

Esta é a forma mais rápida de começar. Os comandos a seguir irão instalar Bactopia e executar um conjunto de dados de teste.

# Install Bactopia using Conda
conda create -y -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia

# Test Bactopia
# First launch will set up environments (e.g. Conda, Docker, or Singularity)
conda activate bactopia
bactopia -profile test,standard

A primeira execução pode demorar um pouco

Na primeira vez que você executar Bactopia, ele irá construir os ambientes (Conda, Docker ou Singularity) necessários para a análise. Dependendo da sua conexão com a internet, isso pode demorar um pouco. Recomendo pegar um café ou dar uma caminhada. Esta construção é feita apenas uma vez, e as execuções futuras serão muito mais rápidas.

observação

Use -profile para mudar o ambiente

O perfil padrão do Bactopia é Conda. Se você quiser testar usando Docker ou Singularity, pode usar a opção -profile. Por exemplo, para usar Docker você usaria -profile test,docker, e -profile test,singularity para Singularity.

Executar a partir do Repositório GitHub

Alternativamente, se você já tem Nextflow instalado e não quer usar Conda para instalar Bactopia, você pode executar Bactopia diretamente do repositório GitHub.

nextflow run bactopia/bactopia -profile test,standard

Comandos auxiliares não disponíveis

A instalação via Conda do Bactopia inclui alguns comandos auxiliares que não estão disponíveis ao executar diretamente com Nextflow. Esses comandos ajudam a preparar planilhas de amostras, pesquisar bancos de dados públicos, pré-construir ambientes, entre outras ferramentas auxiliares.