Installation
O Bactopia inclui centenas de ferramentas em seu fluxo de trabalho. Como você pode imaginar, instalar todas essas ferramentas pode se tornar um processo bastante frustrante. Com isso em mente, desde o início o Bactopia foi desenvolvido para incluir apenas programas disponíveis no Bioconda e no Conda-Forge.
(Opcional) Instalar o Conda via Miniforge
O Conda é um sistema de gerenciamento de pacotes e de ambientes de código aberto que funciona no Windows, Mac OSX e Linux. Usando pacotes disponíveis no Conda, podemos simplificar o processo de instalação das centenas de ferramentas que o Bactopia utiliza.
Se você não tem o Conda instalado, recomendo instalar o
Miniforge, pois ele é mantido pela comunidade Conda-Forge e não inclui o canal defaults. Você deve seguir as
Instruções de Instalação do Miniforge
para isso. O processo levará alguns minutos, mas ao concluir você estará pronto para instalar
o Bactopia.
Instalação
Com o Conda configurado, você está pronto para criar um ambiente para o Bactopia. Para isso, use o seguinte comando:
conda create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia
Após alguns minutos você terá um novo ambiente conda adequadamente chamado bactopia. Para ativar esse ambiente, use o seguinte comando:
conda activate bactopia
E voilà, você está pronto para começar a processar seus dados!
Suporte para Windows e OSX
O Bactopia nunca suportará Windows nativamente devido às dependências. Para usar o Bactopia em uma máquina Windows, você precisará configurar o Subsistema Windows para Linux (WSL). Isso permitirá que você execute o Bactopia dentro do subsistema Linux. Tenho recursos limitados para testar o Bactopia no WSL, mas se você tentar e encontrar algum problema, entre em contato!
Desenvolvi o Bactopia principalmente para Linux, mas reconheço que ele pode ser usado no Mac OSX. Atualmente o suporte para OSX será limitado por não ter recursos suficientes disponíveis para testar o OSX de forma extensiva. Tenha isso em mente ao usar o Bactopia no OSX. Ainda assim, tentarei ajudar se você encontrar algum problema!
O Bactopia não funcionará em Apple silicon ou outros processadores ARM. Isso se deve ao fato de muitas das
ferramentas usadas pelo Bactopia não possuírem uma versão compatível com ARM. Está planejado para o
futuro do Bioconda; até lá, a melhor opção é usar Docker para emular a arquitetura linux/amd64.
Isso pode ser feito usando a opção -profile arm ao executar o Bactopia.
Docker e Singularity
Você também pode usar o Bactopia com Docker ou Singularity, mas será o Nextflow que ficará
responsável por isso. Isso é feito usando a opção -profile. Por exemplo, para usar Docker você
usaria -profile docker, e -profile singularity para Singularity.
Ao usar esses perfis, o Nextflow utilizará Docker ou Singularity para cada processo que
for executado. Em outras palavras, o Nextflow usará docker run ou singularity exec
sem que você precise fazer mais nada.
Embora eu seja o primeiro a admitir que adoro o Conda, ele não é perfeito. Com o tempo, ferramentas podem ficar desatualizadas ou incompatíveis devido a dependências. Contêineres são uma ótima forma de evitar esses problemas. Se você estiver usando o Bactopia e tiver Docker ou Singularity disponíveis, recomendo usá-los em vez do Conda.
Executar a partir do Repositório GitHub
Alternativamente, se você já tem o Nextflow instalado e não deseja usar o Conda para instalar o Bactopia, você pode executar o Bactopia diretamente do repositório GitHub.
nextflow run bactopia/bactopia
A instalação do Bactopia via Conda inclui alguns comandos auxiliares que não estão disponíveis ao executar diretamente com o Nextflow. Esses comandos ajudam a preparar planilhas de amostras, pesquisar bancos de dados públicos, pré-construir ambientes, entre outras ferramentas auxiliares.