Apresentações

Abaixo, você encontrará uma coleção curada de palestras, pôsteres e posts de blog que exploram diversos aspectos do Bactopia. Esses recursos oferecem insights valiosos sobre as capacidades, funcionalidades e contribuições da comunidade do Bactopia. Se você tiver dúvidas sobre qualquer uma das apresentações ou desejar utilizar o material para sua própria pesquisa ou fins educacionais, não hesite em entrar em contato. Terei prazer em ajudar e conversar mais a respeito.

Workshops

• Workshop para uso do Bactopia (março de 2023)
  Um workshop realizado com o CDC Enteric Diseases Laboratory Branch (EDLB), apresentando o Bactopia e as Bactopia Tools. Este workshop forneceu uma visão geral das muitas partes do Bactopia. Os participantes analisaram genomas com o Bactopia e usaram as Bactopia Tools para expandir suas análises de forma fluida. Para este workshop, seguimos os passos fornecidos pelo Bactopia Workshop.
  Slides: PDF

Palestras

• How we avoided AI slop in Bactopia (abril de 2026)
  Uma palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no Nextflow Summit Boston 2026. Esta palestra abordou os desafios do uso de LLMs durante o desenvolvimento do Bactopia, bem como as etapas para garantir o uso eficaz de LLMs no futuro.
  Vídeo: em breve!
  Slides: PDF

• Bactopia - Enhancing and expanding the Bactopia framework (outubro de 2024)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III na ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines (ASMNGS). Esta palestra destacou como o Bactopia evoluiu de um pipeline completo para um framework mais flexível, capaz de se adaptar rapidamente às necessidades dos usuários.
  Slides: PDF

• Introduction to Bactopia for Bacterial Genome Analysis (junho de 2024)
  Uma palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no encontro mensal do Technical Outreach and Assistance for States Teams (TOAST). Esta palestra apresentou o Bactopia aos participantes e mostrou como utilizá-lo em suas análises genômicas.
  Slides: PDF

• Bactopia v3 - Enhancements for public health genomic surveillance (dezembro de 2023)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no Nextflow Summit - Boston 2023. Esta palestra destacou como o Bactopia foi reconstruído na versão 3 para melhor apoiar a vigilância genômica contínua de patógenos bacterianos.
  Slides: PDF

• Designing mechanisms into Bactopia to support its users and contribute back to the community (outubro de 2022)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no Nextflow Summit 2022. Esta palestra aborda como o Bactopia foi projetado para reduzir a carga de manutenção e ao mesmo tempo contribuir de volta para a comunidade.
  Vídeo: YouTube
  Slides: PDF

• Bactopia & it's usage of nf-core components (julho de 2022)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III na série nf-core Bytesize. Esta palestra aborda como o Bactopia modificou e aplicou alguns componentes do nf-core.
  Vídeo: YouTube
  Slides: PDF

• Using Bactopia for the complete analysis of bacterial genomes (abril de 2022)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no African Bioinformatics Network Webinar. Nesta palestra, é fornecida uma introdução ao Bactopia e uma demonstração de como utilizá-lo em suas próprias análises.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Deeper dives, workflows and Bactopia (fevereiro de 2022)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no CLIMB Big Data - Bioinformatics Skills for Microbial Genomics Workshop, cobrindo tópicos como Bioconda, nf-core, e uma pequena visão dos bastidores do Bactopia.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Bactopia and using workflow managers in bioinformatics (janeiro de 2022)
  Nos episódios 72 e 73 do Micro Binfie Podcast, discutimos as origens do Bactopia e tudo que ele oferece. Também abordamos por que você deve considerar o uso de gerenciadores de fluxo de trabalho em suas análises bioinformáticas.
  Sound Cloud: Parte 1, Parte 2

• Integrating Staphopia into S. aureus genomic investigations (fevereiro de 2021)
  Uma breve palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no Virtual S. aureus Seminar Series Early Career Symposium, demonstrando como você pode usar o Staphopia para a análise de S. aureus. O Staphopia agora faz parte do Bactopia.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Bacterial Genome Analysis Using Bactopia (maio de 2020)
  A palestra apresentada por Dr. Robert A Petit III no State Public Health Bioinformatics (StaPH-B) Monthly Webinar, que fornece uma introdução ao Bactopia e algumas das práticas iniciais implementadas nele.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Bacterial Genome Analysis Workflows: Staphopia and Bactopia (março de 2020)
  A palestra apresentada por Dr. Timothy Read na série de webinars do NIAID, que fornece uma visão geral dos pipelines Bactopia e Staphopia e como você pode usá-los para investigar genomas bacterianos.
  Slides: Web, PDF

Pôsteres

• Bactopia v4: A Scalable Bacterial Genome Surveillance Pipeline (maio de 2026)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na APHL 2026 descrevendo as últimas mudanças no Bactopia.
  Slides: PDF

• Expanding Bactopia as a framework for bacterial, fungal, and metagenomic analysis (setembro de 2024)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na conferência AMD Days 2024 descrevendo as últimas mudanças no Bactopia, incluindo novos fluxos de trabalho nomeados e suporte ao AllTheBacteria.
  Slides: PDF

• Expanding Bactopia as a framework for bacterial, fungal, and metagenomic analysis (maio de 2024)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na conferência Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future descrevendo as últimas mudanças no Bactopia, incluindo novos fluxos de trabalho nomeados e suporte ao AllTheBacteria.
  Slides: PDF

• Expanding Bactopia as a framework for bacterial, fungal, and metagenomic analysis (maio de 2024)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na conferência APHL 2024 descrevendo as últimas mudanças no Bactopia, incluindo novos fluxos de trabalho nomeados e suporte ao AllTheBacteria.
  Slides: PDF

• Bactopia v3 - Enhancements for on-going genomic surveillance of bacterial pathogens (junho de 2023)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na conferência Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future destacando as últimas mudanças no Bactopia v3.
  Slides: PDF

• Supporting the bioinformatics community by supporting Bactopia users (outubro de 2022)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na conferência ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines (ASMNGS) descrevendo como o Bactopia foi projetado para reduzir a carga de manutenção e ao mesmo tempo contribuir de volta para a comunidade.
  Slides: PDF

• Using Bactopia for highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (agosto de 2022)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na 11th International Conference on Emerging Infectious Diseases (ICEID) descrevendo como você pode usar o Bactopia em suas análises de genomas bacterianos.
  Slides: PDF

• Using Bactopia for highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (maio de 2022)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na conferência presencial Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future descrevendo como você pode usar o Bactopia em suas análises de genomas bacterianos.
  Slides: Web, PDF

• Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (abril de 2022)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na APHL Annual Conference cobrindo o Bactopia e formas de utilizá-lo em suas próprias análises.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (abril de 2022)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na resistencia antimicrobiana -- Genomes, Big Data and Emerging Technologies (Virtual Conference) cobrindo o Bactopia e formas de utilizá-lo em suas próprias análises.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (março de 2022)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future apresentando uma prévia da versão 2 do Bactopia e as muitas mudanças que ela traria.
  Slides: Web, PDF

• Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (setembro de 2021)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future apresentando uma prévia da versão 2 do Bactopia e as muitas mudanças que ela traria.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• Using Bactopia to process 67,000 Staphylococcus aureus genomes with AWS Batch (maio de 2021)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na Applied Bioinformatics & Public Health Microbiology 2021 que descreve como o Bactopia foi usado para processar 67.000 genomas em apenas 5 dias (!) usando o AWS Batch.
  Vídeo: YouTube
  Slides: Web, PDF

• A Flexible Pipeline for Complete Analysis of Bacterial Genomes (dezembro de 2020)
  Um pôster apresentado por Dr. Robert A Petit III na 4th ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines (ASMNGS) que fornece uma visão geral do Bactopia, dos Bactopia Datasets e das Bactopia Tools.
  Slides: Web, PDF

Posts de Blog

• An introduction to running Bactopia on Amazon Web Services (maio de 2021)
  Um post escrito por Dr. Timothy Read, descrevendo do início ao fim como ele configurou o Bactopia para rodar no Amazon Web Services (AWS).

• Using AWS Batch to process 67,000 genomes with Bactopia (dezembro de 2020)
  Um post escrito por Dr. Robert A Petit III, oferecendo um olhar aprofundado sobre como ele usou o Bactopia para processar 67 mil genomas no AWS Batch.