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Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Identifique genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.

Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Determine o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.

Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.

Encontre genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais.

Identifique genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas.

Baixe e indexe o banco de dados mais recente do AMRFinder+.

Identifique genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end.

Identificar genes por montagem local de reads.

Monte genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridos.

Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador.

Pesquise, valide, colete ou simule amostras de entrada.

Pesquise, valide, colete e padronize amostras de entrada.

Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subamostragem de reads.

Realize controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento.

Crie esboços genômicos e realize classificação taxonômica rápida.

Cria sketches genômicos e realiza classificação taxonômica rápida.

Preveja o tamanho do genoma e encaminhe amostras com base na classificação taxonômica.

Anotação rápida de genomas bacterianos.

Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos.

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos.

Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteína.

Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteína.

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos.

Busca sequências de proteínas em banco de dados de proteínas.

Traduz sequências nucleotídicas e pesquisa em banco de dados de proteínas.

Classificação taxonômica e estimativa de abundância.

Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos.

Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*.

Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.

Avalie a completude da montagem do genoma usando ortólogos de cópia única.

Avalie a completude da montagem genômica usando BUSCO.

Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM.

Avalie a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos de linhagem.

Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM2.

Baixe o banco de dados pré-treinado do CheckM2.

Avalie a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina.

Determine o filogrupo de isolados de Escherichia coli.

Prever filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma.

Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago.

Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM.

Prever o sorotipo de *Escherichia coli* (antígenos O e H).

Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.

Anotação funcional por meio de atribuição de ortologia.

Baixe o banco de dados eggNOG para anotação funcional.

Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia eggNOG.

Tipagem *emm* de montagens de *Streptococcus pyogenes* (Estreptococo do Grupo A).

Prediz tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma.

Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.

Gene Allele Mutation Microbial Assessment.

Atribua genótipos a genomas de Salmonella Typhi.

Analisa resultados do Mykrobe para genotipar *Salmonella* Typhi.

Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem

Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem

Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database.

Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk.

Baixe e configure o banco de dados de referência do GTDB-Tk.

Prever sorotipo de cápsula de *Haemophilus influenzae*.

Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae.

Prever o sorotipo de *Haemophilus parasuis*.

Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis.

Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis.

Identificar sítios de inserção de transposases em genomas bacterianos.

Genotipagem e triagem de montagens de genoma de *Klebsiella*.

Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas.

Classificação taxonômica e filtragem de hospedeiro de reads de sequência.

Classifique reads metagenômicos usando Kraken2.

Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de *Legionella pneumophila*.

Tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila in silico.

Prever sorogrupo de *Listeria monocytogenes*.

Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes.

Calcule distâncias genômicas usando sketches MinHash.

Calcule distâncias Mash entre sequências e uma referência.

Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina *mcr-1*.

Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1.

Sorotipagem e tipagem fina de *Neisseria meningitidis*.

Prever sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genomas.

MinER assisted species-specific bactopia tool seLectIoN.

Identificar espécies para acionar análises downstream específicas por gênero (Merlin).

Identifique espécies a partir de dados de montagem e reads usando distâncias Mash.

Perfilamento em nível de espécie a partir de dados metagenômicos.

Estimar a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos.

Tipagem Automática de Sequência Multi-Locus (MLST) de montagens genômicas.

Determine multilocus tipo de sequencias (MLST) from bacterial assemblies.

Reconstrua e classifique plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.

Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano.

Prever resistência antibiótica a partir de reads de sequenciamento.

Prever Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas.

Baixe genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI.

Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de *Neisseria gonorrhoeae*.

Realize a tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma.

Remova reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman.

Remova reads humanos de dados de sequenciamento.

Prever o sorogrupo O-antígeno de isolados de Pseudomonas aeruginosa.

Preveja sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens.

Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de *Streptococcus pneumoniae*.

Prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma.

Prever regiões de profagos integradas em genomas bacterianos.

Predição de profagos a partir de genomas bacterianos.

Identifique tipos de replicons de plasmídeos em sequências bacterianas e montagens.

Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos.

Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina.

Realizar tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS.

Anotar genomas procarióticos.

Anote genomas bacterianos com informações funcionais.

Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Montagens de Genomas.

Avalie a qualidade da montagem usando QUAST.

Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos.

Prever resistência a antibióticos a partir de montagens.

Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.

Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.

Remova sequências contaminantes de dados metagenômicos.

Predição de sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento genômico.

Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genomas.

Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.

Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae baseada em k-mer.

Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC.

Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens.

Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore.

Prever sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens.

Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens.

Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens.

Predição de sorovar de montagens de Salmonella.

Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource.

Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma central.

Chamar variantes contra um genoma de referência usando Snippy.

Encontrando tipos spa em Staphylococcus aureus.

Prever tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genomas.

Remova contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA.

Inicializa o banco de dados de remoção de reads humanas para o SRA Human Scrubber.

Remover reads humanas de arquivos FASTQ.

Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.

Prever sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma.

Tipagem de SCCmec baseada em primers para genomas de S. aureus.

Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia.

Sorotipo de E. coli produtora de Shiga toxina usando reads/montagens.

Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.

Perfil de composição microbiana usando Sylph.

Perfil de amostras metagenômicas contra um banco de dados usando Sylph.

Pesquisa sequências de consulta proteicas contra banco de dados de nucleotídeos.

Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa em banco de dados de nucleotídeos.

Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem.

Detectar resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis.