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Resumir os resultados do rastreamento do Abricate.

Baixe e prepare bancos de dados de referência para análise com ARIBA.

Baixe datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia.

Baixe o banco de dados de anotação Bakta.

Inferência de recombinação em genomas bacterianos.

Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas.

Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.

Une dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns.

Download and package the DefenseFinder and CasFinder model databases.

Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos.

Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas.

Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação.

Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos.

Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança.

Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos.

Construção rápida de árvores filogenômicas sem alinhamento.

Crie árvores filogenéticas usando distâncias Mash.

Baixar o banco de dados de referência do MIDAS.

Baixe arquivos de montagem e anotação do banco de dados Assembly do NCBI.

Baixe o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos.

Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo.

Análise rápida e escalável de pangenoma bacteriano usando uma abordagem baseada em grafos.

Realize análise de pan-genoma com filogenia de core-genome opcional.

Pangenome Identification and Reconciliation Analysis Tool for Epidemiology (PIRATE).

Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE.

Crie mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência.

Análise rápida de pan-genoma de procariotos em larga escala.

Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary.

Estudos de associação pan-genômica ampla.

Estudos de associação pan-genômica ampla.

Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy.

Gera alinhamento de SNPs do genoma core a partir das saídas por amostra do Snippy.

Cria uma matriz de distância de SNP a partir de um alinhamento múltiplo de sequências.

Calcular distâncias SNP pairwise a partir de alinhamentos de sequências.

Determine o agr, spa, SCCmec types e realize vigilância baseada em genoma para genomas de _Staphylococcus aureus_.

Consolida resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras.

Realize classificação taxonômica e estime tamanhos de genomas bacterianos.