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clonalframeml

Inferência de recombinação em genomas bacterianos.

clonalframeml

Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas.

gtdb

Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database.

gtdbtk_classifywf

Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk.

gubbins

Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação.

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Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos.

iqtree

Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança.

iqtree

Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos.

mashtree

Construção rápida de árvores filogenômicas sem alinhamento.

mashtree

Crie árvores filogenéticas usando distâncias Mash.

pangenome

Realize análise de pan-genoma com filogenia de core-genome opcional.

snippy_core

Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy.

snpdists

Cria uma matriz de distância de SNP a partir de um alinhamento múltiplo de sequências.

snpdists

Calcular distâncias SNP pairwise a partir de alinhamentos de sequências.