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Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Resumir os resultados do rastreamento do Abricate.

Identifique genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.

Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Determine o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.

Encontre genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais.

Identifique genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas.

Baixe e indexe o banco de dados mais recente do AMRFinder+.

Identifique genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end.

Baixe e prepare bancos de dados de referência para análise com ARIBA.

Monte genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridos.

Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador.

Crie esboços genômicos e realize classificação taxonômica rápida.

Preveja o tamanho do genoma e encaminhe amostras com base na classificação taxonômica.

Anotação rápida de genomas bacterianos.

Baixe o banco de dados de anotação Bakta.

Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos.

Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*.

Avalie a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos de linhagem.

Avalie a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina.

Determine o filogrupo de isolados de Escherichia coli.

Inferência de recombinação em genomas bacterianos.

Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago.

Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM.

Download and package the DefenseFinder and CasFinder model databases.

Prever o sorotipo de *Escherichia coli* (antígenos O e H).

Tipagem *emm* de montagens de *Streptococcus pyogenes* (Estreptococo do Grupo A).

Analisa resultados do Mykrobe para genotipar *Salmonella* Typhi.

Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk.

Baixe e configure o banco de dados de referência do GTDB-Tk.

Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação.

Prever sorotipo de cápsula de *Haemophilus influenzae*.

Prever o sorotipo de *Haemophilus parasuis*.

Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis.

Genotipagem e triagem de montagens de genoma de *Klebsiella*.

Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de *Legionella pneumophila*.

Prever sorogrupo de *Listeria monocytogenes*.

Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina *mcr-1*.

Sorotipagem e tipagem fina de *Neisseria meningitidis*.

Tipagem Automática de Sequência Multi-Locus (MLST) de montagens genômicas.

Determine multilocus tipo de sequencias (MLST) from bacterial assemblies.

Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano.

Prever resistência antibiótica a partir de reads de sequenciamento.

Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de *Neisseria gonorrhoeae*.

Baixe o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos.

Prever o sorogrupo O-antígeno de isolados de Pseudomonas aeruginosa.

Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de *Streptococcus pneumoniae*.

Anotar genomas procarióticos.

Anote genomas bacterianos com informações funcionais.

Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos.

Análise rápida de pan-genoma de procariotos em larga escala.

Estudos de associação pan-genômica ampla.

Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy.

Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma central.