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blast_blastn

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos.

blast_blastp

Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteína.

blast_blastx

Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.

blast_tblastn

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteína.

blast_tblastx

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.

blastn

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos.

blastp

Busca sequências de proteínas em banco de dados de proteínas.

blastx

Traduz sequências nucleotídicas e pesquisa em banco de dados de proteínas.

clonalframeml

Inferência de recombinação em genomas bacterianos.

gamma

Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.

gubbins

Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação.

panaroo

Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo.

pangenome

Realize análise de pan-genoma com filogenia de core-genome opcional.

pirate

Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE.

roary

Análise rápida de pan-genoma de procariotos em larga escala.

roary

Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary.

snippy_core

Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy.

snippy_core

Gera alinhamento de SNPs do genoma core a partir das saídas por amostra do Snippy.

snippy_run

Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma central.

snpdists

Cria uma matriz de distância de SNP a partir de um alinhamento múltiplo de sequências.

snpdists

Calcular distâncias SNP pairwise a partir de alinhamentos de sequências.

tblastn

Pesquisa sequências de consulta proteicas contra banco de dados de nucleotídeos.

tblastx

Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa em banco de dados de nucleotídeos.