tbprofiler
Tags: mycobacterium tuberculosis drug-resistance lineage variants sample-scope
Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem.
Este subworkflow realiza o perfilamento abrangente de Mycobacterium tuberculosis a partir de reads de sequenciamento usando o TBProfiler. A ferramenta detecta mutações de resistência a drogas, determina a linhagem e o tipo de cepa, e fornece resultados detalhados de chamada de variantes. Ela combina resultados individuais de amostras com análise em nível populacional para estudos de vigilância e epidemiologia.
Usa campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (ONT/PacBio) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
bam | Arquivo BAM alinhado |
csv | Resultados no formato CSV |
json | Arquivo de resultados JSON comprimido |
txt | Resultados no formato de texto |
vcf | Arquivo VCF comprimido com variantes |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados principais consolidados no formato CSV |
variants_csv | Variantes consolidadas no formato CSV |
variants_txt | Variantes consolidadas no formato de texto |
itol | Arquivos no formato iTOL para visualização |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- tbprofiler_profile - Detecta resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis.
- tbprofiler_collate - Consolida resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- tbprofiler - Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
TBProfiler
Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs. Genome Med 11, 41 (2019)