tblastx
Tags: blast nucleotide translation alignment database sample-scope
Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa em banco de dados de nucleotídeos.
Este subworkflow utiliza o TBLASTX do pacote NCBI BLAST+ para traduzir sequências de nucleotídeos em todos os seis quadros de leitura e pesquisá-las em um banco de dados de nucleotídeos também traduzido em todos os seis quadros de leitura. Ele processa cada montagem individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
blastdb: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
blastdb | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST |
query: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
query | Path | Caminho para as sequências de nucleotídeos que serão traduzidas e pesquisadas no banco de dados traduzido |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de alinhamento de nucleotídeos traduzidos para nucleotídeos traduzidos em formato separado por tabulação (BLAST outfmt 6) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- blast_tblastx - Pesquisa um banco de dados de nucleotídeos traduzidos usando uma consulta de nucleotídeos traduzidos.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- tblastx - Pesquisa em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
BLAST
Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)