tblastn
Tags: blast protein nucleotide alignment database sample-scope
Pesquisa sequências de consulta proteicas contra banco de dados de nucleotídeos.
Este subworkflow utiliza o TBLASTN do pacote NCBI BLAST+ para pesquisar sequências de consulta proteicas contra um banco de dados de nucleotídeos traduzido nos seis quadros de leitura. Ele processa cada montagem individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
blastdb: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
blastdb | Um arquivo compactado tarball contendo o banco de dados BLAST |
query: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
query | Path | Caminho para as sequências de consulta proteicas para pesquisa contra o banco de dados de nucleotídeos traduzido |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de alinhamento proteína-nucleotídeo traduzido delimitados por tabulação (BLAST outfmt 6) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- blast_tblastn - Pesquisa um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta proteica.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- tblastn - Pesquisa contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas proteicas.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
BLAST
Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)