sylph
Tags: metagenome profiling composition abundance kmer taxonomic sample-scope
Perfil de composição microbiana usando Sylph.
Este subworkflow estima a composição microbiana diretamente a partir de reads de sequenciamento usando Sylph. Ele fornece estimativas de abundância rápidas e precisas comparando assinaturas de k-mer contra um banco de dados de genomas de referência. Sylph pode processar reads curtos e longos, oferecendo perfis taxonômicos do nível de espécie ao de linhagem com estimativas de confiança para cada identificação.
Usa campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads Illumina R1 (paired-end) |
r2 | Reads Illumina R2 (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Reads longos (ONT/PacBio) |
database: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database | Path | Caminho para o diretório do banco de dados de referência do Sylph, contendo assinaturas de k-mer pré-computadas de genomas de referência para classificação taxonômica. |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Arquivo TSV com resultados do perfil |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados de perfil agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- sylph_profile - Perfil de amostras de metagenoma contra um banco de dados usando Sylph.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- sylph - Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Sylph
Shaw J, and Yu YW Rapid species-level metagenome profiling and containment estimation with sylph. Nature Biotechnology (2024)