stecfinder
Tags: escherichia-coli stec serotype virulence-genes shiga-toxin sample-scope
Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.
Este subworkflow utiliza o STECFinder para identificar e sorotipificar cepas de E. coli produtoras de toxina Shiga (STEC) usando marcadores genômicos específicos de cluster. Ele examina montagens em busca de genes de virulência e marcadores de sorotipo para classificar isolados de STEC em seus sorotipos conhecidos.
Take
seqs: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
fna | Contigs montados no formato FASTA |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (ONT/PacBio) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Arquivo TSV com os resultados dos marcadores genéticos STEC |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados STEC consolidados de todas as amostras |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- stecfinder - Sorotipificação de E. coli produtora de toxina Shiga usando reads/montagens.
- csvtk_concat - Concatenação de múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- stecfinder - Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga.
Citações
Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
STECFinder
Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 11, 772574. (2021)