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staphtyper

Tags: staphylococcus-aureus agr-typing spa-typing sccmec surveillance strain-characterization run-scope

Determine o agr, spa, SCCmec types e realize vigilância baseada em genoma para genomas de Staphylococcus aureus.

Este subworkflow realiza uma tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus, determinando o tipo do locus agr com AgrVATE, o tipo de repetição spa com spaTyper, o tipo do elemento SCCmec com tipagem SCCmec, e vigilância baseada em genoma com StaphSCAN. Ele combina resultados de múltiplos métodos de tipagem e vigilância para fornecer uma caracterização completa das cepas de S. aureus.

Entrada​

assembly: Channel<Record>
CampoDescrição
metaRegistro Groovy contendo informações da amostra
assemblyContigs montados no formato FASTA
repeats: Path?
repeat_order: Path?
staphscan_db_mlst: Path?
NomeTipoDescrição
repeatsPath?Banco de dados de repetições spa opcional para tipagem spa aprimorada
repeat_orderPath?Arquivo de ordem de repetições spa opcional para tipagem spa aprimorada
staphscan_db_mlstPath?Diretório de banco de dados MLST personalizado para StaphSCAN (opcional)

Saída​

Publicados​

As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.

sample_outputs​

Nenhuma saída de escopo de amostra.

run_outputs​

SaídaDescrição
csvResultados agregados no formato CSV

Composição do Subworkflow​

Este subworkflow chama os seguintes subworkflows:

  • agrvate - Identifica o tipo do locus agr e variantes do operon de Staphylococcus aureus.
  • sccmec - Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.
  • spatyper - Prediz os tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genoma.
  • staphscan - Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus.

Usado Por​

Este subworkflow é usado pelos seguintes workflows:

  • staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.
  • staphtyper - Tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus.

Citações​

Se você usar este em sua análise, por favor cite o seguinte.

Fonte​

Ver fonte no GitHub