staphopiasccmec
Tags: sccmec staphylococcus-aureus mrsa antimicrobial-resistance typing sample-scope
Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia.
Este subworkflow utiliza o staphopia-sccmec para identificar elementos Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de Staphylococcus aureus. Esta é a versão standalone do método de tipagem SCCmec desenvolvido para o projeto Staphopia, que prediz tipos de SCCmec com base na presença de complexos gênicos mec e ccr específicos.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Arquivo TSV com resultados da tipagem SCCmec |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- staphopiasccmec - Tipagem de SCCmec baseada em primers para genomas de S. aureus.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
staphopia-sccmec
Petit III RA, Read TD Staphylococcus aureus viewed from the perspective of 40,000+ genomes. PeerJ 6, e5261 (2018)