ssuissero
Tags: streptococcus-suis serotype typing prediction capsular-genes sample-scope
Prever sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma.
Este subworkflow utiliza o SsuisSero para prever sorotipos de cepas de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma com base na presença de genes capsulares específicos. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados em formato FASTA |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do SsuisSero em formato TSV |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- ssuissero - Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- ssuissero - Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
SsuisSero
Lui J SsuisSero: Rapid Streptococcus suis serotyping (GitHub)