srahumanscrubber
Tags: contamination human scrub sra sequencing fastq sample-scope
Remova contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA.
Este subworkflow utiliza o SRA Human Scrubber para identificar e remover reads humanos dos dados de sequenciamento. Ele primeiro inicializa um banco de dados de referência humana e em seguida realiza a limpeza dos reads de entrada para garantir que atendam aos requisitos de submissão ao SRA.
Utiliza campos posicionais explícitos do registro para os reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
r1 | Reads Illumina R1 (paired-end) |
r2 | Reads Illumina R2 (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (ONT/PacBio) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
special_meta | Groovy Record com nome para agregação downstream |
scrubbed | Arquivos FASTQ limpos com reads humanos removidos |
scrubbed_extra | Arquivos de espaço reservado para compatibilidade do pipeline |
scrub_report | Relatório com estatísticas da limpeza |
run_outputs
Nenhuma saída de escopo de execução.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- srahumanscrubber_initdb - Inicializa o banco de dados de remoção de reads humanos para o SRA Human Scrubber.
- srahumanscrubber_scrub - Realiza a limpeza de reads humanos de arquivos FASTQ.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
SRA Human Scrubber
Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions. Genome Biology, 22(1), 270 (2021)