spatyper
Tags: staphylococcus-aureus spa-typing protein-a mrsa sample-scope
Prever tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genomas.
Este subworkflow utiliza spaTyper para prever os tipos spa de cepas de Staphylococcus aureus a partir de genomas montados, com base na região X polimórfica do gene da proteína A (spa). Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
repeats: Path?
repeat_order: Path?
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
repeats | Path? | Banco de dados de repetições personalizado opcional para tipagem spa |
repeat_order | Path? | Arquivo de ordem de repetições personalizado opcional para tipagem spa |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados da tipagem spa em formato TSV |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- spatyper - Identificar tipos spa em Staphylococcus aureus.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- spatyper - Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
spaTyper
Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline. Zenodo. (2020)