snpdists
Tags: snp distance alignment phylogeny core-genome run-scope
Calcular distâncias SNP pairwise a partir de alinhamentos de sequências.
Este subworkflow utiliza o snp-dists para calcular matrizes de distância SNP pairwise a partir de alinhamentos de múltiplas sequências. Ele lê um arquivo de alinhamento (tipicamente um alinhamento de core-genome) e calcula o número de diferenças de SNP entre cada par de sequências, produzindo uma matriz de distâncias útil para análises filogenéticas e epidemiológicas.
Take
alignment: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
aln | Alinhamento de múltiplas sequências em formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Nenhuma saída de escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Matriz de distância SNP pairwise em formato TSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- snpdists - Cria uma matriz de distância SNP a partir de um alinhamento de múltiplas sequências.
Citações
Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
snp-dists
Seemann T snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment. (GitHub)