sistr
Tags: salmonella serotype mlst cgmlst typing sample-scope
Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource.
Este subworkflow realiza a tipagem abrangente de genomas de Salmonella utilizando SISTR, que prediz o sorotipo, determina a subespécie, realiza a tipagem por MLST e calcula as distâncias de core genome MLST. A ferramenta oferece uma solução completa para classificação e tipagem epidemiológica de Salmonella.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para tipagem de Salmonella |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de predição do SISTR no formato TSV |
allele_fasta | Alelos novos no formato FASTA |
allele_json | Alelos no formato JSON |
cgmlst_csv | Perfil de cgMLST no formato CSV |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- sistr - Predição de sorovares a partir de montagens de Salmonella.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- sistr - Predição de sorovares de Salmonella enterica a partir de montagens.
Citações
Se você utilizar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
SISTR
Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, Taboada EN The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies. PloS One, 11(1), e0147101. (2016)