shigeifinder
Tags: shigella eiec serotype typing cluster-analysis sample-scope
Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens.
Este subworkflow utiliza o ShigEiFinder para prever sorotipos de Shigella e E. coli Enteroinvasiva (EIEC) a partir de genomas montados. Ele usa uma abordagem baseada em clusters para identificar marcadores específicos de sorotipo e classificar isolados com base em seus perfis antigênicos.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do ShigEiFinder no formato TSV |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- shigeifinder - Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- shigeifinder - Predição de sorotipo in silico para Shigella e E. coli Enteroinvasiva (EIEC).
Citações
Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ShigEiFinder
Zhang X, Payne M, Nguyen T, Kaur S, Lan R Cluster-specific gene markers enhance Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in silico serotyping. Microbial Genomics, 7(12). (2021)