shigatyper
Tags: shigella serotype typing prediction antigen-genes sample-scope
Prever sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens.
Este subworkflow utiliza o ShigaTyper para prever sorotipos de cepas de Shigella a partir de reads Illumina/Nanopore ou genomas montados. Ele analisa genes codificadores de antígenos para determinar a classificação do sorotipo de cada isolado.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads Illumina R1 (paired-end) |
r2 | Reads Illumina R2 (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Reads longos (ONT/PacBio) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do ShigaTyper em formato TSV |
hits | Hits detalhados do ShigaTyper |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Previsões de sorotipos mescladas de todas as amostras |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- shigatyper - Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- shigatyper - Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ShigaTyper
Wu Y, Lau HK, Lee T, Lau DK, Payne J In Silico Serotyping Based on Whole-Genome Sequencing Improves the Accuracy of Shigella Identification. Applied and Environmental Microbiology, 85(7). (2019)