shigapass
Tags: shigella serotype typing prediction antigen-genes sample-scope
Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens.
Este subworkflow utiliza o ShigaPass para prever sorotipos de cepas de Shigella a partir de genomas montados. Ele analisa a presença e composição de genes codificadores de antígenos para classificar isolados em seus sorotipos conhecidos.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados em formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados resumidos do ShigaPass em formato TSV |
flex_tsv | Resultados resumidos do ShigaPass Flex em formato TSV |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- shigapass - Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- shigapass - Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
shigapass
Yassine I, Hansen EE, Lefèvre S, Ruckly C, Carle I, Lejay-Collin M, Fabre L, Rafei R, Pardos de la Gandara M, Daboussi F, Shahin A, Weill FX ShigaPass: an in silico tool predicting Shigella serotypes from whole-genome sequencing assemblies. Microb Genomics 9(3) (2023)