seroba
Tags: streptococcus pneumoniae serotype k-mer capsular sample-scope
Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.
Este subworkflow realiza a sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento de nova geração Illumina, utilizando o Seroba. A ferramenta usa uma abordagem baseada em k-mer para classificar rapidamente isolados pneumocócicos em seus respectivos sorotipos com base no locus de síntese de polissacarídeo capsular.
Entrada
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina de extremidade única |
lr | Reads longas (ONT/PacBio) |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de predição de sorotipo com o sorotipo previsto e confiança no formato TSV |
txt | Informações detalhadas sobre o sorogrupo previsto e correspondências de alelos |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- seroba_run - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae baseada em k-mer.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows:
- seroba - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads paired-end Illumina.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Seroba
Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data. Microbial Genomics, 4(7) (2018)