seqsero2
Tags: salmonella serotype prediction foodborne enteric sample-scope
Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genomas.
Este subworkflow utiliza o SeqSero2 para prever os sorotipos de cepas de Salmonella a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
seqs: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de predição de sorotipo do SeqSero2 no formato TSV |
txt | Resultados de predição de sorotipo do SeqSero2 no formato de texto |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- seqsero2 - Predição de sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento de genomas.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- seqsero2 - Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens.
Citações
Se você utilizar este trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
SeqSero2
Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data. Appl Environ Microbiology 85(23):e01746-19 (2019)