scrubber

Tags: metagenomics decontamination human-removal read-filtering sample-scope

Remova sequências contaminantes de dados metagenômicos.

Este subworkflow remove sequências humanas e de outros contaminantes de reads metagenômicos utilizando deacon (padrão), nohuman, ou o SRA Human Scrubber. Ele oferece remoção flexível de contaminação com relatórios detalhados e agrega resultados entre múltiplas amostras.

Take

reads: Channel<Record>

Campo	Descrição
meta	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Reads Illumina R1 (paired-end)
r2	Reads Illumina R2 (paired-end)
se	Reads Illumina single-end
lr	Long reads (ONT/PacBio)

use_srascrubber: Boolean
use_nohuman: Boolean
nohuman_db: Path?
download_nohuman: Boolean
nohuman_save_as_tarball: Boolean
deacon_db: Path?
download_deacon: Boolean

Nome	Tipo	Descrição
use_srascrubber	Boolean	Flag booleana para usar o SRA Human Scrubber na descontaminação
use_nohuman	Boolean	Flag booleana para usar nohuman na descontaminação
nohuman_db	Path?	Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados do nohuman (usado quando use_nohuman é verdadeiro)
download_nohuman	Boolean	Flag booleana para baixar o banco de dados do nohuman em vez de usar o caminho fornecido
nohuman_save_as_tarball	Boolean	Flag booleana para salvar o banco de dados do nohuman baixado como tarball
deacon_db	Path?	Caminho para o arquivo de índice minimizador do deacon (.idx) (usado quando deacon é selecionado)
download_deacon	Boolean	Flag booleana para baixar o índice do deacon em vez de usar o caminho fornecido

Emit

Publicados

As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.

sample_outputs

Saída	Descrição
special_meta	Registro de metadados simplificado para junção em relatórios downstream
r1	Reads paired-end forward processados
r2	Reads paired-end reverse processados
se	Reads single-end processados
lr	Long reads processados
scrub_report	Relatório de estatísticas de remoção de contaminação

run_outputs

Saída	Descrição
csv	Relatórios de contaminação agregados de todas as amostras

Entradas Downstream

As emissões a seguir devem ser usadas como entradas para subworkflows downstream.

scrubbed

Saída	Descrição
r1	Reads paired-end forward processados
r2	Reads paired-end reverse processados
se	Reads single-end processados
lr	Long reads processados

scrubbed_extra

Saída	Descrição
r1	Reads paired-end forward processados
r2	Reads paired-end reverse processados
se	Reads single-end processados
lr	Long reads processados
fna	Arquivo de montagem (repassado)

special_tsv

Saída	Descrição
special_meta	Registro de metadados simplificado para junção em relatórios downstream
scrub_report	Relatório de estatísticas de remoção de contaminação

Composição de Subworkflows

Este subworkflow chama os seguintes subworkflows:

• deacon - Remove reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon.
• srahumanscrubber - Remove contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA.
• nohuman - Remove reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman.

Composição de Módulos

Este subworkflow chama os seguintes módulos:

• csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.

Usado Por

Este subworkflow é usado pelos seguintes workflows:

• cleanyerreads - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads brutos de sequenciamento.
• scrubber - Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos.

Citations

If you use this in your analysis, please cite the following.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• deacon
  Bede N. deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison. (GitHub)

• Kraken2
  Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)

• SRA Human Scrubber
  Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions. Genome Biology, 22(1), 270 (2021)

Source

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