scoary
Tags: gwas association pan-genoma traits statistical run-scope
Estudos de associação pan-genômica ampla.
Este subworkflow realiza estudos de associação genômica ampla (GWAS) em dados de pan-genoma utilizando o Scoary. A ferramenta identifica genes associados a características binárias, como patogenicidade, especificidade de hospedeiro ou resistência a antibióticos. Ele calcula associações estatísticas entre presença/ausência de genes e características fenotípicas em múltiplos isolados bacterianos.
Entrada
csv: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
csv | Matriz de presença/ausência de genes da análise de pan-genoma em formato CSV |
traits: Path?
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
traits | Path? | Arquivo de características contendo características fenotípicas binárias para cada isolado (opcional) |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Nenhuma saída no escopo de amostra.
run_outputs
Nenhuma saída no escopo de execução.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- scoary - Estudos de associação pan-genômica ampla.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma central.
Citações
Se você utilizar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Scoary
Brynildsrud O, Bohlin J, Scheffer L, Eldholm V Rapid scoring of genes in microbial pan-genoma-wide association studies with Scoary. Genome Biol. 17:238 (2016)