sccmec
Tags: sccmec staphylococcus-aureus mrsa antimicrobial-resistance typing sample-scope
Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.
Este subworkflow utiliza o SCCmec para identificar o elemento Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de Staphylococcus aureus. Ele prediz o tipo com base na presença de complexos gênicos específicos de mec e ccr, gerando resultados detalhados de BLAST e informações de tipagem.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Arquivo principal de resultados com tipagem SCCmec |
targets | Resultados de BLAST para sequências-alvo |
target_details | Resultados detalhados para correspondências de alvos |
regions | Resultados de BLAST para regiões SCCmec |
regions_details | Resultados detalhados para correspondências de regiões SCCmec |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- sccmec - Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- sccmec - Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus.
Citações
Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
sccmec
Petit III RA, Read TD sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies (GitHub)