roary
Tags: pangenome pan-genoma comparative-genomics core-genome alignment run-scope
Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary.
Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de anotações de genomas bacterianos usando Roary. Roary é um pipeline rápido de pan-genoma que processa grandes quantidades de genomas anotados para produzir matrizes de presença/ausência de genes e alinhamentos do genoma core. Ele é particularmente otimizado para conjuntos de dados bacterianos e consegue processar centenas de genomas de forma eficiente.
Take
gff: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
gff | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 representando as anotações genômicas de cada amostra |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Sem saídas no escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
aln | Alinhamento do genoma core no formato FASTA (opcional) |
csv | Tabela de presença/ausência de genes |
supplemental | Arquivos suplementares incluindo genes acessórios binários e grafos |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- roary - Análise rápida de pan-genoma procariótico em larga escala.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Roary
Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis. Bioinformatics 31, 3691-3693 (2015)