rgi
Tags: bacteria assembly antimicrobial-resistance resistome homology sample-scope
Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos.
Este subworkflow utiliza o Resistance Gene Identifier (RGI) para prever resistomas com base em modelos de homologia e SNP. Inclui análise de genes de resistência, criação de visualizações resumidas e agregação de resultados entre amostras.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados em formato FASTA para predição do resistoma |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do RGI em formato separado por tabulação |
json | Resultados do RGI em formato JSON (opcional) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- rgi_main - Prever resistência a antibióticos a partir de montagens.
- rgi_heatmap - Criar mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- rgi - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Resistance Gene Identifier (RGI)
Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic acids research 48.D1, D517-D525 (2020)