quast
Tags: assembly quality assessment metrics n50 evaluation sample-scope
Avalie a qualidade da montagem usando QUAST.
Este subworkflow avalia a qualidade da montagem de genomas usando QUAST (Quality Assessment Tool for Genome Assemblies). Ele fornece métricas abrangentes, incluindo N50, L50, conteúdo GC, comprimento total e outras estatísticas de qualidade. O fluxo de trabalho gera relatórios individuais por amostra e um resumo combinado para análise comparativa entre todas as montagens.
Entrada
fasta: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA (Path) |
meta_file | Arquivo meta contendo informações sobre o tamanho de referência (Path) |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Relatório transposto em formato TSV |
supplemental | Arquivos suplementares incluindo gráficos e relatórios HTML |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- quast - Ferramenta de avaliação de qualidade para montagens de genomas.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- quast - Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST.
Citações
Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
QUAST
Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G QUAST: quality assessment tool for genome assemblies. Bioinformatics 29, 1072-1075 (2013)