pneumocat
Tags: streptococcus-pneumoniae serotype capsular-typing typing sample-scope
Realizar tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS.
Este subworkflow utiliza o PneumoCaT para identificar loci capsulares específicos de sorotipo e determinar sorotipos a partir de dados de sequenciamento de nova geração. Ele fornece determinação abrangente de sorotipos, incluindo estatísticas de cobertura e pontuações de confiança para cada amostra.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads Illumina R1 (pareados) |
r2 | Reads Illumina R2 (pareados) |
se | Reads Illumina de extremidade única (não suportado pelo PneumoCaT) |
lr | Reads longas (não suportadas pelo PneumoCaT) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
xml | Os arquivos de resultado do PneumoCaT em formato XML |
txt | Um arquivo contendo as informações de cobertura dos genes |
run_outputs
Nenhuma saída de escopo de execução.
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- pneumocat - Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- pneumocat - Atribuição de sorotipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento.
Citações
Se você utilizar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
PneumoCaT
Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, and Fry NK Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline. PeerJ, 4, e2477. (2016)