plasmidfinder
Tags: plasmid replicon typing antimicrobial-resistance mobilome sample-scope
Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos.
Este subworkflow utiliza o PlasmidFinder para identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos. Ele faz a triagem das montagens contra o banco de dados do PlasmidFinder para detectar tipos de replicons de plasmídeos conhecidos e fornece resultados detalhados, incluindo sequências de hits e informações de classificação.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados em formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
json | Resultados do PlasmidFinder em formato JSON |
txt | Resultados do PlasmidFinder em formato de texto |
tsv | Resultados do PlasmidFinder delimitados por tabulação com informações de tipagem de replicons |
genome_seq | Sequências FASTA dos hits de plasmídeos encontrados no genoma (gzipped) |
plasmid_seq | Sequências de plasmídeos de referência correspondentes (gzipped) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- plasmidfinder - Identificar tipos de replicons de plasmídeos em sequências e montagens bacterianas.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- plasmidfinder - Bactopia Tool: Plasmidfinder.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
PlasmidFinder
Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 58(7), 3895-3903. (2014)