pirate
Tags: pangenome pan-genoma comparative-genomics core-genome alignment run-scope
Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE.
Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de anotações de genomas bacterianos usando PIRATE. PIRATE é uma caixa de ferramentas de pan-genoma escalável que agrupa genes ortólogos em múltiplos limiares de identidade. É particularmente útil para conjuntos de dados altamente diversos, pois consegue lidar com famílias gênicas divergentes e oferece opções flexíveis de agrupamento para diferentes necessidades analíticas.
Entrada
gff: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
gff | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 representando as anotações genômicas de cada amostra |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Nenhuma saída no escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
aln | Alinhamento do genoma core no formato FASTA (opcional) |
csv | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV |
supplemental | Diretório contendo arquivos intermediários do PIRATE e saídas detalhadas |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- pirate - Pangenome Identification and Reconciliation Analysis Tool for Epidemiology (PIRATE).
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
PIRATE
Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria. Gigascience 8 (2019)