phispy
Tags: prophage phage bacterial genome mobile-genetic-elements sample-scope
Predição de profagos a partir de genomas bacterianos.
Este subworkflow identifica profagos em genomas bacterianos utilizando o PhiSpy, que combina estratégias baseadas em similaridade e composição para uma detecção precisa. A ferramenta identifica sequências de fagos integrados, extrai regiões bacterianas e de fagos, e fornece anotação abrangente incluindo formato GFF para análise downstream.
Take
gbff: Channel<Record>
| Nome | Descrição |
|---|---|
gbff | Genomas bacterianos anotados em formato GenBank para predição de profagos |
Emit
Published
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Coordenadas (início/fim) de cada região de profago predita no genoma |
supplemental | Diretório contendo informações detalhadas sobre profagos, sequências e anotações |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados mesclados de predição de profagos de todas as amostras |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- phispy - Prediz regiões de profagos integradas em genomas bacterianos.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- phispy - Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
PhiSpy
Akhter S, Aziz RK, and Edwards RA PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies. Nucleic Acids Research, 40(16), e126. (2012)