pbptyper
Tags: streptococcus-pneumoniae pbp-typing penicillin antimicrobial-resistance sample-scope
Prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma.
Este subworkflow utiliza o pbptyper para prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) e a suscetibilidade antimicrobiana de cepas de Streptococcus pneumoniae a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um arquivo de resumo delimitado por tabulação com o tipo PBP previsto para cada gene |
blast | Um arquivo delimitado por tabulação com os hits brutos do TBLASTN usados para identificação de genes |
details | Resultados detalhados de tipagem PBP para cada gene analisado |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- pbptyper - Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de Streptococcus pneumoniae.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- pbptyper - Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae.
Citações
Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
pbptyper
Petit III RA pbptyper: In silico Penicillin Binding Protein (PBP) typer for Streptococcus pneumoniae assemblies (GitHub)