pasty
Tags: pseudomonas-aeruginosa serogroup typing o-antigen prediction sample-scope
Preveja sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens.
Este subworkflow utiliza o Pasty para realizar a sorogrupagem in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa a partir de genomas montados. Ele identifica genes de biossíntese do antígeno O para classificar os isolados em seus sorogrupos conhecidos usando buscas de homologia baseadas em BLAST.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um arquivo de resumo delimitado por tabulação com o sorogrupo do antígeno O previsto |
blast | Um arquivo delimitado por tabulação com todos os hits brutos do BLAST usados para a previsão |
details | Um arquivo delimitado por tabulação com hits detalhados de genes para cada sorogrupo testado |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- pasty - Preveja o sorogrupo do antígeno O de isolados de Pseudomonas aeruginosa.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- pasty - Sorogrupagem in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
pasty
Petit III RA pasty: in silico serogrouping of Pseudomonas aeruginosa isolates (GitHub)