panaroo
Tags: pangenome pan-genoma comparative-genomics core-genome alignment run-scope
Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo.
Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de anotações de genomas bacterianos usando Panaroo. Panaroo é um pipeline de pan-genoma que produz pan-genomas refinados removendo erros e contaminações das anotações de entrada. Ele gera matrizes de presença/ausência de genes e alinhamentos do genoma central adequados para análises filogenéticas posteriores.
Take
gff: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
gff | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 representando as anotações genômicas de cada amostra |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Nenhuma saída no escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
aln | Alinhamento do genoma central no formato FASTA (opcional) |
filtered_aln | Alinhamento do genoma central com regiões recombinantes filtradas (opcional) |
csv | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV compatível com Roary (opcional) |
panaroo_csv | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV nativo do Panaroo (opcional) |
supplemental | Diretório contendo arquivos intermediários e estruturas de dados do Panaroo |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- panaroo_run - Análise de pan-genoma bacteriano rápida e escalável usando uma abordagem baseada em grafos.
Citações
Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Panaroo
Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline. Genome Biology 21(1), 180. (2020)