nohuman
Tags: human contamination decontamination scrubbing reads nohuman kraken2 sample-scope
Remova reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman.
Este subworkflow utiliza o nohuman para identificar e remover reads humanos de arquivos FASTQ, usando um banco de dados Kraken2 construído a partir dos genomas do Human Pangenome Reference Consortium (HPRC). Opcionalmente, o banco de dados é baixado caso ainda não esteja disponível.
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end forward) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end reverse) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (ONT/PacBio) |
database: Path?
download_nohuman: Boolean
save_as_tarball: Boolean
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database | Path? | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados nohuman (ignorado se download_nohuman for verdadeiro) |
download_nohuman | Boolean | Flag booleana para baixar o banco de dados em vez de usar o caminho fornecido |
save_as_tarball | Boolean | Flag booleana para salvar o banco de dados baixado como tarball |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
scrubbed | Arquivos FASTQ com reads humanos removidos |
scrub_report | Relatório de classificação Kraken2 (opcional) |
run_outputs
Nenhuma saída de escopo de execução.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- nohuman_download - Baixa o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos.
- nohuman_run - Remove reads humanos de dados de sequenciamento.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Kraken2
Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)