ngmaster
Tags: neisseria-gonorrhoeae ng-mast typing gonococcal antigen sample-scope
Realize a tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma.
Este subworkflow utiliza o ngmaster para realizar a tipagem de sequência multi-antígeno in silico (NG-MAST) de cepas de Neisseria gonorrhoeae a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados em formato FASTA |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados NG-MASTER delimitados por tabulação com alelos porB e tbpB e tipo de sequência |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- ngmaster - Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de Neisseria gonorrhoeae.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- ngmaster - Tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae.
Citações
Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ngmaster
Kwong J, Gonçalves da Silva A, Schultz M, Seeman T ngmaster - In silico multi-antigen sequence typing for Neisseria gonorrhoeae (NG-MAST) (GitHub)