mykrobe
Tags: bacteria reads antimicrobial-resistance genotype-prediction sample-scope
Prever resistência antibiótica a partir de reads de sequenciamento.
Este subworkflow utiliza o Mykrobe para prever resistência antibiótica diretamente a partir de reads de sequenciamento. Ele fornece previsões rápidas de resistência baseadas em genótipo para espécies bacterianas específicas.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Entrada (Take)
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads Illumina R1 (paired-end) |
r2 | Reads Illumina R2 (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (ONT/PacBio) |
mykrobe_species: String
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
mykrobe_species | String | Espécie bacteriana alvo para previsão de resistência (ex.: "staphylococcus_aureus", "mycobacterium_tuberculosis" ou "enterococcus_faecium"). |
Saída (Emit)
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Previsões de AMR em formato CSV legível por máquina |
json | Resultados detalhados de previsão de AMR em formato JSON |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Previsões de AMR combinadas de todas as amostras |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- mykrobe_predict - Prevê resistência antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- mykrobe - Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas.
Citações
Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Mykrobe
Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe Wellcome Open Research 4, 191. (2019)