mobsuite
Tags: plasmid reconstruction typing mobilome bacterial-genome sample-scope
Reconstrua e classifique plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.
Este subworkflow usa o MOB-suite para reconstruir e classificar plasmídeos a partir de montagens de genomas em rascunho. Ele separa sequências de plasmídeos das cromossômicas, determina os tipos de replicon dos plasmídeos usando o banco de dados do MOB-suite e fornece relatórios completos sobre o conteúdo e a organização dos plasmídeos.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
chromosome | Sequências cromossômicas separadas dos contigs de plasmídeos (FASTA comprimido) |
contig_report | Relatório delimitado por tabulação que atribui cada contig ao cromossomo ou plasmídeo |
txt | Resultados do MOB-typer com tipo de replicon, mobilidade e grupo de incompatibilidade (opcional) |
plasmids | Sequências de plasmídeos reconstruídas no formato FASTA comprimido (opcional) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- mobsuite_recon - Reconstrói e classifica plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- mobsuite - Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
MOB-suite
Robertson J, Nash JHE MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies. Microbial Genomics 4(8). (2018)