mlst
Tags: mlst sequence-typing pubmlst bacteria sample-scope
Determina tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas.
Este subworkflow utiliza o mlst para varrer contigs montados contra esquemas de tipagem PubMLST e determinar tipos de sequência (STs). Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
db: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path | Banco de dados PubMLST a ser usado para tipagem MLST |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um resumo delimitado por tabulação contendo a Amostra, Esquema, ST e IDs de Alelos |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Um arquivo TSV mesclado com resultados do mlst de todas as amostras |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- mlst - Tipagem de Sequência Multi-Locus (MLST) automática de montagens de genomas.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
- mlst - Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados.
- staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
mlst
Seemann T mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes (GitHub)