midas
Tags: metagenomics species profiling abundance strain sample-scope
Perfilamento em nível de espécie a partir de dados metagenômicos.
Este subworkflow estima variação genômica em nível de cepa a partir de dados metagenômicos usando o MIDAS. O pipeline identifica as abundâncias de espécies bacterianas e fornece perfilamento em nível de cepa, incluindo análise de SNPs. Ele utiliza um banco de dados de referência abrangente para identificação e quantificação precisa de espécies em comunidades microbianas complexas.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (não suportado pelo MIDAS) |
database: Path?
download_midas: Boolean
save_as_tarball: Boolean
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database | Path? | Banco de dados de referência do MIDAS para identificação e quantificação de espécies |
download_midas | Boolean | Flag booleana para baixar automaticamente o banco de dados do MIDAS caso não esteja disponível |
save_as_tarball | Boolean | Flag booleana para salvar o banco de dados baixado como tarball |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um resumo delimitado por tabulação da abundância e cobertura de espécies |
abundances | Perfil detalhado de abundância de espécies |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados de abundância de espécies consolidados de todas as amostras |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- midas_species - Estima a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos.
- midas_download - Baixa o banco de dados de referência do MIDAS.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows:
- midas - Estima abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
MIDAS
Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography. Genome Research, 26(11), 1612-1625. (2016)