merlin
Tags: species identification typing serotype virulence sample-scope
MinER assisted species-specific bactopia tool seLectIoN.
Este subworkflow realiza identificação inteligente de espécies e seleciona as ferramentas de tipagem específicas para cada espécie com base no organismo detectado. Ele primeiro identifica as espécies potenciais usando estimativa de distância MinHash e, em seguida, executa subworkflows específicos para caracterização detalhada, incluindo sorotipagem, MLST, detecção de fatores de virulência e perfil de resistência antimicrobiana.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
fna | Arquivo de montagem para identificação e tipagem de espécies |
r1 | Reads Illumina R1 (paired-end) ou null |
r2 | Reads Illumina R2 (paired-end) ou null |
se | Reads Illumina single-end ou null |
lr | Long reads (ONT/PacBio) ou null |
mash_db: Path
emmtyper_blastdb: Path?
hicap_database_dir: Path?
hicap_model_fp: Path?
staphtyper_repeats: Path?
staphtyper_repeat_order: Path?
staphscan_db_mlst: Path?
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
mash_db | Path | Banco de dados Mash sketch para identificação rápida de espécies |
emmtyper_blastdb | Path? | Banco de dados BLAST do EMMTyper para tipagem emm de Streptococcus pyogenes (opcional) |
hicap_database_dir | Path? | Diretório do banco de dados HiCAP para sorotipagem de Haemophilus influenzae (opcional) |
hicap_model_fp | Path? | Arquivo de modelo HMM do HiCAP para detecção aprimorada (opcional) |
staphtyper_repeats | Path? | Sequências repetidas de Staphylococcus aureus para tipagem spa (opcional) |
staphtyper_repeat_order | Path? | Arquivo de ordem de repetição de Staphylococcus aureus para tipagem spa (opcional) |
staphscan_db_mlst | Path? | Diretório de banco de dados MLST personalizado para vigilância StaphSCAN (opcional) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Registros mistos por amostra provenientes do merlindist e de todos os subworkflows de tipagem específicos por espécie ativados (ex.: ectyper, sistr, kleborate). Cada registro contém campos específicos da ferramenta.
run_outputs
Resultados agregados mistos de todos os subworkflows de tipagem específicos por espécie ativados. Cada registro contém resumos entre amostras específicos de cada ferramenta.
Composição do Subworkflow
Este subworkflow chama os seguintes subworkflows:
- clermontyping - Prediz filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens genômicas.
- ectyper - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
- emmtyper - Prediz tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens genômicas.
- genotyphi - Atribui genótipos a genomas de Salmonella Typhi.
- hicap - Sorotipagem in silico do locus da cápsula de Haemophilus influenzae.
- hpsuissero - Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis.
- kleborate - Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas.
- legsta - Tipagem baseada em sequência in silico de Legionella pneumophila.
- lissero - Predição in silico de sorotipo para Listeria monocytogenes.
- merlindist - Identifica espécies a partir de dados de montagem e reads usando distâncias Mash.
- ngmaster - Realiza tipagem por sequência de múltiplos antígenos de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens genômicas.
- pasty - Prediz sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens.
- pbptyper - Prediz tipos de proteína ligadora de penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens genômicas.
- seqsero2 - Prediz sorotipos de Salmonella a partir de montagens genômicas.
- seroba - Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.
- shigapass - Prediz sorotipos de Shigella a partir de montagens.
- shigatyper - Prediz sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens.
- shigeifinder - Prediz sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens.
- sistr - Ferramenta de linha de comando para tipagem in silico de Salmonella.
- ssuissero - Prediz sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens genômicas.
- staphtyper - Determina os tipos agr, spa e SCCmec e realiza vigilância baseada em genoma para genomas de Staphylococcus aureus.
- stecfinder - Identifica e sorotipa E. coli produtoras de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.
- tbprofiler - Ferramenta de perfilamento de Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
- merlin - Seleção e execução de ferramentas específicas por espécie assistida pelo MinMER.
Citações
Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Mash
Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash. Genome Biol 17, 132 (2016)