meningotype
Tags: neisseria-meningitidis serotype finetype bexsero meningococcal sample-scope
Prever sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genomas.
Este subworkflow utiliza meningotype para realizar sorotipagem in silico, finetyping e tipagem de sequências de antígenos Bexsero de Neisseria meningitidis a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do meningotype em formato delimitado por tabulação com predições de sorogrupo, PorA e FetA |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- meningotype - Sorotipagem e finetyping de Neisseria meningitidis.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- meningotype - Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
meningotype
Kwong JC, Gonçalves da Silva A, Stinear TP, Howden BP, & Seemann T meningotype: in silico typing for Neisseria meningitidis. (GitHub)