mcroni
Tags: mcr-1 colistin resistance promoter variant sample-scope
Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1.
Este subworkflow identifica e caracteriza variantes de promotor upstream do gene de resistência à colistina mcr-1 usando mcroni. A ferramenta busca mutações na região promotora que podem afetar os níveis de expressão do mcr-1, o que é importante para entender a regulação da resistência à colistina mediada por plasmídeo.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para análise do promotor de mcr-1 |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de variação do gene mcr-1 delimitados por tabulação |
fa | Sequência do gene mcr-1 extraída no formato FASTA (opcional) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- mcroni - Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina mcr-1.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- mcroni - Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada).
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
mcroni
Shaw L mcroni: Scripts for finding and processing promoter variants upstream of mcr-1 (GitHub)