mashtree
Tags: phylogeny tree mash distance comparison run-scope
Crie árvores filogenéticas usando distâncias Mash.
Este subworkflow utiliza o Mashtree para comparar rapidamente arquivos de sequência de genoma completo e gerar árvores filogenéticas. Ele cria sketches Mash dos genomas de entrada, calcula distâncias par a par e constrói uma árvore baseada na matriz de distâncias.
Take
assemblies: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
fna | Contigs montados pré-coletados no formato FASTA (múltiplos genomas) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Nenhuma saída no escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
nwk | Árvore filogenética no formato Newick |
tsv | Matriz de distâncias par a par |
sketches | Arquivos de sketch Mash individuais |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- mashtree - Construção rápida de árvore filogenômica sem alinhamento.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- mashtree - Construção rápida de árvore filogenética usando distâncias Mash.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Mashtree
Katz LS, Griswold T, Morrison S, Caravas J, Zhang S, den Bakker HC, Deng X, Carleton HA Mashtree: a rapid comparison of whole genome sequence files. Journal of Open Source Software, 4(44), 1762 (2019)