lissero
Tags: listeria monocytogenes serotype outbreak sample-scope
Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes.
Este subworkflow realiza a predição de sorotipo para Listeria monocytogenes utilizando LisSero, que identifica marcadores específicos de sorotipo em montagens de genomas. A ferramenta fornece classificação rápida nos principais sorotipos de L. monocytogenes, o que é importante para investigação e rastreamento de surtos.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para predição de sorotipo de L. monocytogenes |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do LisSero delimitados por tabulação com sorogrupo predito e detecção de genes marcadores |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- lissero - Prediz o sorogrupo de Listeria monocytogenes.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- lissero - Predição de tipagem de sorogrupo para Listeria monocytogenes.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
LisSero
Kwong J, Zhang J, Seeman T, Horan, K, Gonçalves da Silva A LisSero - In silico serotype prediction for Listeria monocytogenes (GitHub)