legsta
Tags: legionella pneumophila sequence-typing st epidemiology sample-scope
Tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila in silico.
Este subworkflow realiza a tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila usando legsta, que identifica o Tipo de Sequência (ST) com base no esquema de sete loci. A ferramenta analisa perfis de alelos e fornece dados de tipagem epidemiológica para investigação de surtos e estudos populacionais.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem em formato FASTA para tipagem de sequência de L. pneumophila |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de SBT de Legionella pneumophila delimitados por tabulação com números de alelos e tipo de sequência |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- legsta - Tipagem Baseada em Sequência (SBT) in silico de Legionella pneumophila.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- legsta - Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
legsta
Seemann T legsta: In silico Legionella pneumophila Sequence Based Typing (GitHub)